Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual de Maringá (1977), mestrado em Ciências Biológicas (Entomologia) pelo Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (1979) e doutorado em Ciências Biológicas (Entomologia) pela Universidade Federal do Paraná (1986); pós-doutorado no Canadian National Collection of Insects (CNC), Ottawa, Canadá (1997-1998) e na Universidade Federal do Paraná como bolsista do Programa da Taxonomia (PROTAX) (2006-2008). Atualmente é pesquisador titular do INPA; bolsista produtividade 1D do CNPq; Membro do comitê assessor de Zoologia do CNPq; membro da Comissão de Assessoramento Técnico-Científico (CATC) do CNPq; referee de diversas revistas científicas, nacionais e estrangeiras; professor orientador no programa de pós-graduação em Entomologia do INPA. Atua na área de Entomologia, com experiência em taxonomia de Diptera (Tabanidae, Empididae, Pipunculidae) e Zoraptera e em Entomologia Forense e Urbana. Editor sênior do livro Insetos do Brasil: diversidade e taxonomia publicado em 2012.

Doutorado em Ciências Biológicas (Entomologia) (1983 - 1986) - Título: Sistemática filogenética dos gêneros de Pipunculidae (Diptera) do Novo Mundo, Ano de obtenção: 1986. Orientador: Nelson Papavero.

Mestrado em Ciências Biológicas (Entomologia) (1978 - 1979). Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, INPA, Brasil.Título: Estudo da idade fisiológica de quatro populações de Tabanidae (Diptera) no Campus Universitário, Manaus, Brasil.,Ano de Obtenção: 1979. Orientador: Jacques Derek Charlwood.

Taxonomista nato pubicou até final de 2014 mais 150 artigos com descrição e redescrição de taxóns. publicou mais de 40 matérias em Textos em jornais de notícias/revistas e mais de 110 resumos em congresso nacionais e internacionais.

Publicou três livros, com destaque para Rafael, José Albertino ; MELO, Gabriel Augusto R ; CARVALHO, Claudio José Barros de ; CASARI, Sônia Aparecida ; CONSTANTINO, Reginaldo . Insetos do Brasil: Diversidade e Taxonomia. 1. ed. Ribeirão Preto: Holos, Editora, 2012. v. 1. 810p, que concorreu ao prêmio Jabuti, categoria Ciências Naturais, ficando em 6º lugar. Um livro muito utilizado no meio acadêmico por discentes e docentes desde então.

O livro recebeu o prêmio Alexandre Rodrigues Ferreira, que é concedido pela Sociedade Brasileira de Zoologia ao melhor livro publicado na área de zoologia no período de 1º de novembro de 2011 a 31 de outubro de 2013. O prêmio foi concedido na abertura do XXX Congresso de Brasileiro de Zoologia realizado pela Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, de 4 a 9 de fevereiro, em Porto Alegre (RS).

A primeira edição do livro é um volume único. Foi publicada pela editora Holos e teve uma tiragem de 10 mil exemplares prevendo uma boa aceitação no mercado nacional. A obra contou também com financiamento do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas. (Fapeam).

Participou em 4 bancas de trabalhos de conclusão de curso, 41 bancas de mestrado, 21 bancas de doutorado e 25 de qualificação para doutoramento. Como orientador atuou em 21 orientações de iniciação científica, 32 dissertações de mestrado, 12 teses de doutorado e seis supervisão de pós-doutorado. Sem contabilizar as orientações em andamento.

No seu Currículo Lattes há um descrição que define a real importância deste primoroso Entomologista:

José Albertino Rafael é especializado em Sistemática de Insetos, com ênfase em Diptera. Publicou 150 trabalhos, descrevendo quase 250 espécies neotropicais, principalmente amazônicas,  em periódicos nacionais e estrangeiros ou em capítulos de livros. Atua como consultor do CNPq e CAPES. É o editor sênior do livro "Os Insetos do Brasil: Diversidade e Taxonomia", publicado em 2012. Este livro conta com a participação de brasileiros e estrangeiros e vem suprir a falta de um livro básico em Entomologia no Brasil. A partir do lançamento dos editais universais do CNPq aprovou cinco projetos como coordenador (2001, 2003, 2006,  2009 e 2011) e na FAPEAM, a partir de 2004, aprovou quatro projetos (2004, 2006 e 2007, 2011).